El diseño de las instalaciones representa un gran reto cuando una empresa decide iniciar la construcción de una nueva planta de alimentos o requiere realizar modificaciones a su infraestructura.
El no considerar un diseño arquitectónico tomando en cuenta los requerimientos sanitarios provoca deficiencias que se ven reflejadas en espacios insuficientes, flujos de proceso y de personal que provocan contaminación cruzada, así como acabados inadecuados que no resisten las operaciones y se deterioran de forma prematura.
La presencia de estas fallas puede deberse a la falta de conocimientos en aspectos de inocuidad. En otros casos, las deficiencias son consecuencia de la pobre definición de las necesidades de la planta, o bien, de un crecimiento mal planeado.